C3 Spacer Amidite (DMT-1,3-Propanediol) ，三碳隔断亚磷酰胺化物的合成路线

C3 Spacer Amidite (DMT-1,3-Propanediol) 的中文名称通常为C3 间隔核苷亚磷酰胺化物（DMT-1,3-丙二醇型），也可称为三碳间隔亚磷酰胺化物。其中，C3 表示通过三碳链（–CH₂–CH₂–CH₂–）作为柔性间隔连接核苷酸链与后续功能基团；DMT（Dimethoxytrityl，二甲氧基三苯甲基）为羟基保护基，在固相寡核苷酸合成中保护 5’-羟基的反应活性，保证偶联选择性和合成顺序。C3 Spacer Amidite 常用于引入柔性间隔，以降低空间阻碍、提高修饰效率和增强核酸探针性能。

二、合成视频途径

1. 起始原料选择
   合成 C3 Spacer Amidite 通常以 1,3-丙二醇为起始原料。1,3-丙二醇结构中具有两个羟基，可通过保护与活化实现磷酰胺化和 DMT 保护的引入。

2. 羟基选择性保护
   在 1,3-丙二醇中，选择性地将一端羟基通过 DMT-Cl（DMT 氯化物）保护，生成 DMT-1,3-丙二醇。该保护基可在固相核酸合成中通过酸性条件去除，暴露活性羟基用于磷酰胺偶联。

3. 磷酰胺化反应
   未保护的羟基通过磷酰胺化试剂（如 2-氰乙基二异丙基氨基氯磷酰胺）反应，形成磷酰胺活性中心。磷酰胺化过程中通常在干燥、无水条件下进行，以避免水解，确保反应效率和产物稳定性。

4. 纯化与表征
   磷酰胺化反应完成后，通过柱层析或 HPLC 对产物进行纯化，去除未反应的起始物、DMT 保护基副产物以及磷酰胺水解物。最终产物可通过质谱（MS）、核磁共振（NMR）等方法确认结构与纯度。

5. 固相合成应用
   纯化后的 C3 Spacer Amidite 可直接用于固相寡核苷酸合成。DMT 保护基在合成循环中可选择性去除，磷酰胺活性中心与寡核苷酸链的 5’-羟基偶联形成磷酸三酯中间体，再氧化生成稳定磷酸二酯键，从而将三碳柔性间隔整合到寡核苷酸链中。

三、特点与作用
C3 Spacer 以三碳柔性链将核苷酸链与后续功能基团或修饰分子隔开，减少 steric hindrance（空间阻碍），提高荧光探针、亲和标签或药物偶联的效率和稳定性。DMT 保护基提供选择性偶联控制，磷酰胺活性中心保证高效整合。

四、总结
C3 Spacer Amidite (DMT-1,3-Propanediol) 是一种用于固相核酸合成的功能化间隔单体，其合成路线包括 1,3-丙二醇选择性羟基保护、磷酰胺化反应、纯化与表征，以及在固相 DNA/RNA 合成中的应用。该间隔提供柔性三碳链，可有效隔离修饰基团，提高核酸探针和功能化核酸的性能与稳定性，广泛应用于分子探针设计和核酸功能化研究。

产品名称：C3 Spacer Amidite (DMT-1,3-Propanediol)

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