亲和层析又称功能层析(Function Chromatography)。其原理是：利用生物大分子与其特异性配基之间的特异结合能力的特性，先将配基交联到层析介质上，制成亲和层析介质。将含有该生物大分子的待分离样品上样后，该生物大分子将被特异性吸附在亲和层析介质上，而样品中的其它物质全部流穿被去除;在改变洗脱条件时，就可以把被特异性吸附的生物分子洗脱下来。一种亲和层析介质只能用于一种或有限的一类生物分子的分离纯化。理论上，所有的能特异性结合的配基对均能利用亲和层析原理，制成亲和层析介质，用于其配基的分离纯化。

　　亲和层析是一种吸附层析，抗原(或 抗体)和相应的抗体(或抗原)发生特异性结合，而这种结合在一定的条件下又是可逆的。所以将抗原(或 抗体)固相化后，就可以使存在液相中的相应抗体(或抗原)选择性地结合在固相载体上，借以与液相中的其他蛋白质分开，达到分离提纯的目的。