Cy3.5-COOH，又称 Cyanine3.5-carboxylic acid（Cy3.5-羧基染料），是一种基于Cyanine半花青结构的红橙色荧光染料，属于Cyanine家族的中间波长成员。Cy3.5在光谱性质上介于Cy3与Cy5之间，兼具较高的荧光亮度、良好的光稳定性和优异的生物兼容性。由于其末端含有可反应的羧基（–COOH）官能团，Cy3.5-COOH可作为一种通用的中间体，用于通过活化反应（如EDC/NHS偶联）衍生化为NHS酯、胺、叠氮、炔基等多种功能基，从而实现与蛋白质、多肽、核酸及纳米材料的共价连接，是生物荧光标记、探针合成和生物传感的重要母体染料之一。
物化学实验操作学组成与化学实验操作特点Cy3.5-COOH 的大分子结构结构骨架由5个吲哚或喹啉环借助多甲链（大部分为3–4个亚甲基）相邻而成，行成长共轭组织体制，塑造其明显的看得出光消化吸收与发性能方面。其大分子结构结构两端大部分带着季铵或磺酸盐基团，改善了水可溶与大分子结构结构平稳性。羧基基团设在活性染料链的左端，是其实行进一次化工突显的关健反映位点。常见适用范围领域荧光探针合成
Cy3.5-COOH 是制备各种Cy3.5衍生物的核心中间体。例如，它可以转化为 Cy3.5-NHS 用于蛋白质标记，或转化为 Cy3.5-amine、Cy3.5-azide、Cy3.5-alkyne 等化合物，用于点击化学、表面修饰或DNA偶联。
蛋白质与多肽标记
通过EDC/NHS活化后，Cy3.5-COOH可直接与蛋白质或多肽的赖氨酸残基反应，实现稳定的酰胺键偶联，用于免疫荧光、流式细胞分析及共聚焦成像。
核酸与寡核苷酸标记
将Cy3.5-COOH通过活化步骤连接至氨基化寡核苷酸，可得到高灵敏度的荧光探针，用于FISH杂交检测、qPCR探针、核酸传感及分子诊断。
纳米材料与表面修饰
Cy3.5-COOH可与纳米颗粒（如金纳米粒子、量子点、磁性纳米球）、脂质体、聚合物载体表面氨基反应，构建荧光可视化纳米系统，用于药物递送、细胞示踪及成像研究。
多重荧光标记与成像
Cy3.5的光谱特性介于Cy3（绿橙）和Cy5（深红）之间，适用于多色荧光成像实验。其高亮度和低光漂白特性，使其成为高分辨率显微镜、共聚焦显微镜及超分辨显微术中的染料。
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